Если что то не работает в ISP, лучше сразу начать проверять лог сообщений и ошибок для ISP.
1. Подключились по SSH.
2. Открываем лог на просмотр:
tail -f /usr/local/mgr5/var/ispmgr.log
3. Пробуем добавить пользователя в панели ISP. Получает ошибку смотрим в лог. В логе видим запись.
Oct 11 14:25:59 [2045:261] db ERROR query error: Column count of mysql.user is wrong. Expected 42, found 39. Created with MySQL 50173, now running 50557. Please use mysql_upgrade to fix this error.
По всей видимости вы выполнили обновление пакета mysql, но обновление самих баз данных не сделали. После обновления версии mysql, всегда надо выполнять: mysql_upgrade (есть в документации по mysql)
4. В консоли SSH: mysql_upgrade
5. Теперь можно добавлять и редактировать пользователей.